电商渠道因为其特性导致征税方面存在技术难点，而今后这一问题或将得到解决。据《经济参考报》报道，记者从权威渠道获悉，我国2016年将实现所有发票的网络化运行，推行电子发票电子底账，实时采集、存储、查验、比对发票全要素信息。专家表示，采取以上举措全面推行电子发票，将显著提高征管能力，也将为电商征税清除技术障碍。
实际上，我国并没有任何法律政策规定电子商务可以免除纳税义务。但由于现实的征管条件限制等诸多复杂因素，大量小微电商游离于税收征管框架之外。而现阶段，若对就业起促进作用的电商实行严苛的税收措施，将不利于该行业的发展和个人创业。因此，电商征税也成了一个敏感话题。
据国家统计局数据显示，2014年全年全国网上零售额2.79亿元，比上年增长49.7%。占我国2014年社会消费品零售总额26.24亿元的10.6%。
目前我国电商主要的交易模式有B2B、B2C和C2C三种。线下众多零售企业已经受到税务部门有效监管，线上B2B或B2C企业交易行为较为规范，都以开具发票进行纳税，而C2C由于进入门槛低，且不用进行税务登记，任何人都可以成为交易主体，纳税者寥寥无几。
有专家表示：“电商征税实际上是个伪命题，只是时间问题。”中国社科院财经战略研究院税收研究室主任张斌告诉记者：“电商征税重点要征管的应该是C2C，按照前两年700多万淘宝活跃商户的数据进行测算，一年针对C2C可以收税至少50亿元。而目前淘宝活跃商户已经超过1100多万，税收规模应该更大。”
多位专家认为，电子发票具有成本低、填开数据真实、便于真伪查询、利于税收征管等优点，不会提高商家的运营成本，又能很好的核定营业额。商家卖一个产品，所有数据全部回传给税务机关，开具电子发票后，国税总局的系统后台就能收到信息，实现全部实时监管。
国家税务总局税收科学研究所所长李万甫介绍称，发票和底账之间有关联关系，要反映企业的实际收入状况。推行发票电子底账，收集、整理、分析信息之后，有利于风险管理、纳税评估。“电子发票和电商征税没有直接的因果关联，不过肯定是清除了技术上的难题，为电商征税扫除了一些障碍。”李万甫称。
京东集团副总裁蔡磊接受记者采访时表示，如果所有取得的数据都在税务局的电子底账库里，整个信息化管税就实现了，这对于营造健康公平的税收环境有重要意义。“我国传统的以票管税在电子商务的征管中有不少困难，现在的征管力量很难适应电子商务一年几万亿的交易额。电子发票是最好的信息管税抓手，如果全面推行电子发票，要求产生交易就要自动生成电子发票，就能很好解决征管难题。”他说。
针对这一问题，阿里巴巴方面表示，电子发票对于降低商家开票成本、快递成本、提升消费者体验都有很大优势。目前阿里也在积极参与电子发票业务，从技术上平台正在投入有效的技术方案，帮助需要使用电子发票的商家解决技术接入。阿里将建立一套标准接口，商家ERP系统只需要跟阿里对接即可实现开票，且后端对接了诸多第三方电子发票服务平台，帮助企业、尤其是电商类ERP降低多方对接及维护成本。阿里也会积极响应和遵守国家税务相关政策和法规。
一位个人淘宝卖家称，如果不增加运营成本，会支持采用电子发票。也有淘宝女装店经营者向记者表示，女装行业竞争激烈，用户对产品品质的要求也越来越高，所以越来越多的用户会在购物时索要正规发票。目前，已经开始向用户提供纸质发票，所以采用电子发票后并不会对目前的经营造成影响。
不过，由于大多数C2C商户都是小型微利企业，因此专家建议对电商市场主体征税要适度，实行税收优惠政策，以此鼓励创业和保护中小企业的发展。
张斌告诉记者：“如果税务机关要利用电子发票提高税收征管效率，我认为前提是大幅降低税负。”
他建议，首先，伴随着《税收征管法》的推进，建立针对自然人的税收登记制度。另外，加强征管的前提是大幅度提高增值税、营业税的起征点，使得大部分自然人商户豁免纳税申报义务，并且实质上降低税负。
